魔法科高校に入学する3年前、中学一年生の深雪と達也は、母の深夜とともに家族旅行のため沖縄に向かっていた。当時の達也はまるで使用人のように扱われており、深雪はそんな仕打ちを唯々諾々と受け入れているように見える兄が理解できず、イライラを達也にぶつけがちだった。ところが達也が不良軍人から自分を守ってくれたことをきっけかに、深雪は兄への考え方を変えていく。

ヨットでクルーズ中に、深雪たちは国籍不明の潜水艦から魚雷攻撃を受けた。魚雷は達也が使った魔法でバラバラにされ、事なきを得たが、この事件を重く見た国防軍は、恩納基地に駐留している風間大尉を派遣し、真夜に事情徴収を行なう。
翌日、深夜たちは沖縄舞踊の観覧と体験会に行こうとする。だがこの催しが女性限定だったため、深夜は達也に恩納基地に見学に行くようにと命ずる。それを聞いた深雪は自分も達也と一緒に基地を見学したいと言いだす。

沖縄に突如、大亜連合軍が侵攻してきた。深雪は達也、深夜、穂波とともに恩納基地に避難する。だが大亜連合軍の攻撃と呼応するように恩納基地の部隊から反乱が起き、避難民たちを攻撃。その巻き添えで深雪と深夜、穂波が銃撃を受け、致命傷を負ってしまう。だが深雪の命が失われる寸前、達也の魔法が深雪の命を救う。
深雪が命を失うほど深く傷つけられたことに激しく憤った達也は、大亜連合軍を殲滅すべく出撃する。